Ojciec Rafał od św. Józefa Kalinowski urodził się w Wilnie 1 września 1835 roku i otrzymał na chrzcie imię Józef. Studiował w Instytucie Szlacheckim w Wilnie, w Szkole Agronomicznej w Hory-Horkach, a w latach 1853-1857 w Akademii Inżynierii Wojskowej w Petersburgu, gdzie uzyskał tytuł inżyniera i stopień porucznika. Po ukończeniu studiów został mianowany asystentem matematyki w tejże Akademii. W roku 1859 współpracował w projektowaniu linii kolejowej Kursk-Kijów-Odessa.
W roku 1863, po wybuchu w Polsce powstania przeciw ciemięzcy rosyjskiemu, gdy jako kapitan sztabu pracował przy rozbudowie twierdzy w Brześciu nad Bugiem, zwolnił się z wojska rosyjskiego i przyjął obowiązek ministra wojny w rejonie Wilna. Aresztowany 24 marca 1864 roku, został skazany na karę śmierci, którą zamieniono mu na 10 lat przymusowych prac na Syberii. Z przedziwną mocą ducha, cierpliwością i miłością dla towarzyszy wygnania wlewa w nich ducha modlitwy, pomagał im materialnie i dobrym słowem budził nadzieję i pokój.
Zwolniony z wygnania w roku 1874, przyjął obowiązek wychowawcy czcigodnego sługi Bożego Augusta Czartoryskiego w Paryżu, zaś w roku 1877 wstąpił do zakonu karmelitów bosych w Grazu w Austrii i przyjął imię zakonne brat Rafał od św. Józefa. Po złożeniu ślubów zakonnych studiował teologię na Węgrzech, a święcenia kapłańskie otrzymał w Czernej koło Krakowa 15 stycznia 1882 roku.
Umarł 15 listopada 1907 roku, w klasztorze w Wadowicach, który założył i którego był przeorem. Został pochowany na cmentarzu klasztornym w Czernej. Za życia i po śmierci cieszył się wielką sławą świętości, był czczony przez cały lud, a także przez kardynałów Dunajewskiego, Puzynę, Kakowskiego, Gottiego. Procesy diecezjalne przeprowadzono w Kurii Arcybiskupiej w Krakowie w latach 1934-1938 i akta przesłano do Rzymu, gdzie w roku 1843 został wydany dekret w sprawie pism.
W roku 1952 sprawa kanonizacyjna została wprowadzona na forum Stolicy Apostolskiej. W latach 1953-1956 został przeprowadzony proces apostolski i kongregacja przystąpiła do dyskusji o heroiczności cnót.
11 października 1980 roku Jan Paweł II promulgował dekret o heroiczności cnót, a po zatwierdzeniu cudownego uzdrowienia ks. Władysława Misia, Papież 22 czerwca 1983 roku, beatyfikował o. Rafała Kalinowskiego w Krakowie.
Rosnąca sława cudów doprowadziła w roku 1989 do przeprowadzenia w Kurii krakowskiej procesu kanonicznego o cudownym uzdrowieniu dziecka. Po szczęśliwym zakończeniu dyskusji lekarzy, teologów i kardynałów, Jan Paweł II zatwierdził cud do kanonizacji dnia 10 lipca 1990 roku.
Na Konsystorzu 26 listopada 1990 roku Jan Paweł II postanowił przystąpić do kanonizacji bł. Rafała Kalinowskiego i dokonać ceremonii kanonizacyjnej w niedzielę 17 listopada 1991 roku.
